L'intrigue de Minish tourne autour de l'histoire de Vaati.
Les Minish, également appelés Picori par les Hyruléens, sont une race de petites créatures qui ont doté un jeune garçon d'un vêtement vert, d'une épée,
et une lumière dorée brillante pour repousser les ténèbres plusieurs années avant le début du jeu. Il existe trois types de minish : Ville, Forêt et Montagne.
En tant que préquelle de Four Swords, l'intrigue de Legend of zelda Minish cap tourne autour de l'histoire de Vaati et de la naissance des Four Sword,
qui étaient des éléments importants de Four Swords et Four Swords Adventures.
La quête commence lorsque Link est choisi par le roi d'Hyrule pour demander l'aide des Picori après que Vaati ait détruit la lame Picori et pétrifié la princesse Zelda.
Une fois la lame brisée, des monstres maléfiques furent relâchés dans Hyrule et Vaati fut capable de créer le chaos dans sa recherche de la Force de Lumière.
Link a été choisi car seuls les enfants peuvent voir le Picori. Au cours du voyage, il sauve Ezlo, un être étrange ressemblant à un bonnet vert avec une tête d'oiseau,
qui le rejoint et peut faire rétrécir Link à la taille du minish.
Bien que cela ne soit pas révélé au début, lui et Vaati sont des minish (picori) – ezlo un sage et artisan renommé et Vaati son apprenti.
Vaati fut corrompu par la folie et la haine des hommes et prit un chapeau magique qu'Ezlo avait fabriqué pour les habitants d'Hyrule.
Le chapeau exauce tous les souhaits du porteur, et Vaati souhaitait devenir un puissant sorcier.
Vaati transforma alors son ancien maître, qui avait tenté de les arrêter, en chapeau.
Avec l'aide d'Ezlo, Link récupère les quatre artefacts élémentaires et les utilise pour restaurer la lame Picori aux quatre épées, capables de vaincre Vaati.
Après que Link ait restauré les quatre épées, Vaati transforme le château d'Hyrule en château d'Hyrule sombre, le dernier donjon du jeu.
Link combat Vaati juste avant qu'il ne puisse drainer Zelda de toute la Force de Lumière cachée en elle.
Link bat Vaati après s'être engagé dans un combat dans lequel Vaati change de forme.
Lorsque Link et Zelda fuient le château en train de s'effondrer, ils rencontrent Vaati alors qu'il change à nouveau de forme pour la bataille finale du jeu.
Après la bataille, Ezlo retrouve sa forme originale. Il trouve le bonnet de vœux qu'il a créé et le donne à Zelda, lui exauçant un vœu.
Les personnes maudites par Vaati sont guéries et le château redevient normal. Le chapeau déborde du pouvoir de la vie et disparaît.
Ezlo donne à Link un nouveau chapeau et lui dit qu'il aimait voyager avec lui, puis part juste au moment où la porte du monde Legend of zelda Minish cap se ferme.
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